基本的に着陸料はＡＩＰ（航空路誌）に定めているとおりで、重量によると思います。
ただ、空港管理が民間であったり、会社である場合はそれと異なる価格になってることもあるようですね
国交大臣設置管理空港（ジェット機）
重量区分
～25ｔ950円/ｔ
～100ｔ1380円/ｔ
～200ｔ1650円/ｔ
201ｔ～1800円/ｔ
騒音比例部分
3400円×（騒音値-83）
例：B787-8
重量比例分
最大離陸重量：219,540kg 200ｔ以上1800円/ｔ、220ｔ×1800円で396,000円
騒音比例部分 騒音値：92EPNdB 3400円×(92-83)=30,600円
計：426,600円
でも、なかなか重量いっぱいで運用することは少ないですからね。
例えば燃料とか割とぎりぎりで運用してたりしますよ
（もちろん代替飛行場までいけるだけの余裕（航空法に定める）はもってね）
国の航空機なのですが、各種料金は適用されます
むかーし、F-15で名古屋空港をローパスしたら、「着陸進入料」を取られましたｗ
この辺りは難しいところもあるのです（設置者とか管理者とか自治体とかｗｗ）
公開されている成田の資料見ましたけど、ほぼ最大重量近い所になってますね・・・
空港使用料とか着陸料とか駐機料とか・・ 空港も生き残るために必死です・・
もう日本で大型機が離発着する時代は来ないかもしれないですね（寂しい・・